畸形果的发生主要与两大方面有关，一是由于花芽分化和发育不正常所引起，二是由于果实发育过程中的不均衡所引起。这两方面均有许多复杂的影响因素，其中初方面是环境和营养条件不适造成的，第二方面主要是与开花坐果期植物生长调节剂使用不当有关。
番茄幼苗在2~3片真叶时，就开始进入花芽分化和发育阶段，一般到幼苗4叶1心定植，如果在这个时期花芽分化不良，后期再加强管理和合理植物生长调节剂也无济于事，畸形果仍会大量发生。而花芽分化不良主要与环境和营养条件不适造成的。
1、温度影响
温度过高或过低都会影响花芽的正常形成和分化。此时正值高温时段，对于没有及时采取降温措施的棚室来说，较高的温度不利于花芽分化和发育。
2、养分供应失调
苗期水肥供应过于充足，尤其是氮肥施用过多，植株生长过旺，花芽容易过度分化。并且菜农为防止植株徒长，控水控肥过度，出现土壤干旱少肥的情况，花芽发育不良，出现木栓化的情况，也容易产生畸形果。
3、苗龄过长或控旺过度
达到苗龄后未能及时定植或秧苗定植后发生徒长，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，使秧苗控住，再蘸花时也易产生畸形果。
二、综合调控措施
为预防番茄畸形果，需要从苗期就要加强管理，营造良好的植株生长环境。
选择优良品种
越夏、秋延茬番茄选择耐高温的品种，而越冬和早茬宜选择耐低温、弱光的番茄品种。
培育秧苗，花芽正常分化和发育
要注意尽量选择3-4叶的番茄幼苗，过大的苗子往往控旺药剂喷洒过多，苗子老化，出现问题的几率更大。
加强田间管理
注意协调植株长势。前期植株以营养生长为主，此时要避免旺长，使营养均衡分配，培育壮棵，花芽分化正常进行。
调控好棚室温度，在肥水管理方面，浇完定植水及缓苗水后应适当控水，促进根系下扎。
合理使用植物生长调节剂
植物生长调节剂（番茄点花药）的浓度，要随着温度高低随时调整，一般来说温度高时浓度低，气温低时浓度高。
合理疏花疏果
生产中为避免养分供应不足导致果实发育障碍或缓慢，要注重疏花疏果，及时去掉各类畸形花、畸形果，减少养分消耗，其次要保护叶片，避免过早打叶，营养供应充足，调节营养生长与生殖生长平衡
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作用功效
生根壮根：“根果多多”有强大的生根养根作用，使用后能促进根系细胞的分裂，使毛细根快速增多，减少沤根、死根、腐烂根的出现，尤其在低温时生根迅速，更有利于根系正常生长，高温时壮根显著，使植株生长均衡健壮。
保花膨果：使用“根果多多”后，能植物细胞活性，打破休眠障碍，促进花芽分化，增加雌花数量，调控果柄离层细胞结构，防止器官脱落，提高授粉质量，提高坐果率，促进果实迅速膨大，上色快而均匀，果型端正靓丽。
抗病抗逆：“根果多多”内含有的高纯度甲壳素能诱导植物自身产生多种抗性物质苯丙氨基酸解氨酶、超氧物歧化酶、过氧化物酶、多酚氧化酶等，从而植物的抗病基因，使植物产生系统抗性，这些抗体可以长时间保持在较高水平，这样当致病菌再来侵染时，植物就不会得病。提高了植物的抗寒冷、抗高温、抗旱涝、抗盐碱能力，缓解各种药害、肥害、气害。
平衡营养：施用“根果多多”后，--方面可以使作物生长壮而不旺长，植株通过灌根后促使根系发达，茎节粗壮；另外--方面可以协调营养生长与生殖生长的矛盾，提高开花结果期植物的开花质量和结果质量，促使光合产物更多的运输到果实中。
快速缺素症状：本品内含的多种营养元素能及时快速的因缺元素而产生的，生长缓慢，卷叶、黄叶、枯萎、花而不实、植株矮小，叶尖失绿、生长瘦弱、畸形果、坐果不良等症状。
改良土壤：施用“根果多多”后，能在短时间内促使土壤有益微生物的大量繁殖，通过有益微生物的生长代谢，土壤中有机质的矿化和腐植化的速度加快，为植物提供更多营养，加快土壤团粒结构的组成，土壤的理化性质得到改善，提高土壤阳离子交换能力，调节土壤PH值，透气性和保水保肥能力增强，使土壤中的养分处于有效活化状态，土壤肥力提高，并可提高地温3~5度，提前上市7-10天，延长采摘期10~20天。
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